DNA methylation sequencing profiles of 1538 breast tumors and 244 normal breast tissues

DNA methylation sequencing profiles of 1538 breast tumors and 244 normal breast tissues. Libraries were prepared using a custom Reduced Representation Bisulfite Sequencing pipeline. Sequencing was performed on the Illumina HiSeq 2500 (v4 chemistry), with single-end reads of 125 bp length. Multiplexing was conducted at the level of 8 samples per lane. FASTQ files are provided for 1538 breast tumors and 244 normal breast tissues. Reference: Batra et al. (2021). DNA methylation landscapes of 1538 breast cancers reveal a replication-linked clock, epigenomic instability and cis-regulation.

1782 samples
DAC: EGAC00001000484
Technology: Illumina HiSeq 2500

Access Policy1 Study Files

Metadata

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Metabric Targeted Sequencing Data Access Policy

Studies are experimental investigations of a particular phenomenon, e.g., case-control studies on a particular trait or cancer research projects reporting matching cancer normal genomes from patients.

Study ID	Study Title	Study Type
EGAS00001004327	METABRIC: Data from Batra et al (2021); DNA methylation landscapes of 1538 breast cancers reveal a replication-linked clock, epigenomic instability and cis-regulation	Other

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ID	File Type	Size
EGAF00005415907	fq.gz	2.0 GB
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EGAF00005416202	fq.gz	1.3 GB
EGAF00005416203	fq.gz	2.0 GB
EGAF00005416204	fq.gz	2.4 GB
EGAF00005416205	fq.gz	1.6 GB
EGAF00005416206	fq.gz	2.6 GB
EGAF00005416207	fq.gz	2.1 GB
EGAF00005416208	fq.gz	1.9 GB
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EGAF00005416212	fq.gz	1.9 GB
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