Neuroblastoma relapse trio series from the AMC

The majority of neuroblastoma patients have tumors that initially respond to chemotherapy, but a large proportion of patients will experience therapy-resistant relapses. The molecular basis of this aggressive phenotype is unknown. Whole genome sequencing of 23 paired diagnostic and relapsed neuroblastomas showed clonal evolution from the diagnostic tumor with a median of 29 somatic mutations unique to the relapse sample. Eighteen of the 23 relapse tumors (78%) showed RAS-MAPK pathway mutations. Seven events were detected only in the relapse tumor while the others showed clonal enrichment. In neuroblastoma cell lines we also detected a high frequency of activating mutations in the RAS-MAPK pathway (11/18, 61%) and these lesions predicted for sensitivity to MEK inhibition in vitro and in vivo. Our findings provide a rationale for genetic characterization of relapse neuroblastoma and show that RAS-MAPK pathway mutations may function as a biomarker for new therapeutic approaches to refractory disease.

28/10/2016
221 samples
DAC: EGAC00001000321

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AMC Oncogenomics policy

European Genome-Phenome Archivec/o European Bioinformatics InstituteWellcome Trust Genome CampusHinxtonCambridgeCB10 1SDUnited KingdomTo whom it may concern,This document refers to the data set, EGAS00001001183, which has been submitted to the European Genome Archive (EGA) for the restricted access by legitimate academic institutions that have agreed to comply with the terms of a Data Access Agreement drafted by the Consortium Data Access Committee (CDAC) of the AMC Neuroblastoma Study Group. There are a number of steps that a researcher must take to obtain access to this data and the process is overseen by our Data Access Committee, called AMC Neuroblastoma Study Group Data Access Committee (r.versteeg@amc.uva.nl). Prof. Dr. Rogier Versteeg is head of the dept of Oncogenomics, Academic Medical Center, Amsterdam and is authorized to approve researchers to have encrypted access to the data submitted to the EGA. Please be advised that Dr. Jan Koster (Jankoster@amc.uva.nl) is authorized to upload data to the EGA for archiving and distribution as part of your submission process, which will enable approved researchers to have encrypted access to the data. We can confirm that this submission is consistent with the informed consent of the participants of the study or has been granted ethical approval and is in accordance with the applicable laws and regulations.Sincerely,Prof. Dr. Rogier Versteeg

Studies are experimental investigations of a particular phenomenon, e.g., case-control studies on a particular trait or cancer research projects reporting matching cancer normal genomes from patients.

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EGAS00001000222	Whole Genome Sequencing of Neuroblastoma	Whole Genome Sequencing
EGAS00001001183	Neuroblastoma relapse trio series from the AMC	Other

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